O Agrupamento de Escolas D. Sancho II participa e desenvolve o Projeto Eco-Escolas. É um Programa internacional coordenado pela Foundation for Environmental Education (FEE) implementado em Portugal pela Associação Bandeira Azul da Europa (ABAE) desde 1996 . Desenvolve-se atualmente em 67 países, mais de 51.000 escolas e envolvendo mais 19 milhões de estudantes. Em Portugal participam mais de 1500 escolas e 650.000 estudantes, em 230 municípios.

A sua metodologia inspirada nos princípios da Agenda 21 local, visa garantir a participação das crianças e jovens na tomada de decisões, promover uma cidadania responsável e contribuir para uma escola e de uma comunidade mais sustentáveis.

Tem como objetivo encorajar ações, reconhecer e premiar o trabalho desenvolvido pela escola na melhoria do seu desempenho ambiental, gestão do espaço escolar e sensibilização da comunidade. O acompanhamento e avaliação anual das atividades, visa validar a qualidade do trabalho desenvolvido pela escola, através da atribuição simbólica de uma bandeira verde Eco-Escolas.